لقد كان الاختلاف بين علم الكلام والفلسفة منهجيا ،فالأصل في المتكلم أن يبدأ بالتسليم بقواعد الإيمان كما وردت في الكتاب ثم يأخذ بعد هذا في التدليل على صحتها بالعقل....
بينما يهتم الفيلسوف بدراسة موضوعه ويعتنق الرأي الذي ينتهي إليه بحثه، ومن هنا قيل إن موقف المتكلم هو موقف المحامي المخلص الذي يعتقد صحة قضية ويتولى الدفاع عنها ،وموقف الفيلسوف موقف القاضي العادل الذي لا يكون في القضية رأيا حتى يدرسها عن غير تحيز ثم يصدر فيها حكمه.
و الاختلاف بين علم الكلام و الفلسفة يتجاوز المنهج إلى الموضوع، يقول ابن خلدون : ان نظر الفيلسوف في الإلهيات هو نظر في الوجود المطلق وما يقتضيه إثباته ،ونظر المتكلم في الوجود من حيث انه يدل على الموجد .
و بالجملة فموضوع علم الكلام هو العقائد الإيمانية بعد فرضها صحيحة من الشرع من حيث يمكن أن يستدل عليها بالأدلة العقلية".